按照《“联合打击长江干流鄂赣皖省际交界水域违法采砂”专项整治活动方案》，自10月26日至11月5日，长江鄂赣皖三省边界水域联合整治专项行动实施第二阶段，即清江阶段。
通过联合整治专项行动第一阶段动员、宣传阶段的有关工作，长江水利委员会组织联合打击水域所在湖北、安徽、江西三省及其沿江各地（市）、县（区）水行政管理部门，联合长江航务管理局及其所属长江海事、航道、航运公安等部门，采用江上陆地联动方式，对初次摸查的沿江及其两岸500艘左右采、转、运等各涉砂船舶以及沿江砂场展开了广泛、有效的有关宣传和沟通，联合打击水域江面偷采活动基本得到遏制，一些涉嫌违法采砂作业、转运、停留的船舶已经离开该水域，本地的涉砂作业大多停止，两岸三地群众知法守法意识增强，地方人民政府行政首长采砂管理责任落实强化，初步成效显现。
根据《“联合打击长江干流鄂赣皖省际交界水域违法采砂”专项整治活动方案》，按照行动总指挥部的总体部署和具体要求，第二阶段清江活动，即对各类涉砂船舶展开登记、摸底及控制，应在第一阶段的工作基础上，进一步加强相关宣传，在巩固前期工作成效的同时，依据相关法律法规及管理职责规定，按行政区划分组，依靠各级地方人民政府支持，充分发挥相关行政管理部门的职能，开展清江工作。具体要求是：1、编制船舶（含过驳吊机）登记表，分段同时行动进行“清江”，逐船检查登记，并调查涉嫌非法采砂损毁航道设施情况，同时进行涉黑、涉恶分子潜伏的排查摸底；2、根据船舶的相关背景情况，依法分类处置（包括集中停靠、补办相关手续、拆除采砂设备、移交遣返至船籍所在地、拆解“三无”船只、查处涉黑及涉恶分子等）。
10月26日，长江委砂管局联合长江航务管理局及其长江海事局、航道、航运公安等部门以及有关湖北、江西、安徽三省水行政主管部门召开“联合打击长江干流鄂赣皖省际交界水域违法采砂专项整治活动”现场行动联席会议，对第二阶段清江行动进行了部署，并对联合执法的工作机制进行了进一步分工和责任明确。会议上，长江航务管理局有关负责人表示将充分发挥自身优势，切实履行本部门职责，充足配备人员、执法船艇，做好此次专项整治行动，并承诺下一阶段将重点对采砂人员和采砂船只以及涉砂过驳吊船进行实名登记，并对集中停靠的船只进行检查，对于违法相关交通法规、损毁航运设施的非法船只进行重点打击，必要时通过司法程序立案侦查。联合打击水域所在鄂赣皖三省水行政主管部门也积极表示将尽全力以赴完成好下一阶段的各项工作。之后，提出了具体的实施计划。
行动按行政区域分为三个小组进行。第一小组负责湖北岸段水域（上自湖北蕲春县下至湖北黄梅县），第二小组负责江西岸段水域（上自江西九江市九江县下至九江市彭泽县），第三小组负责安徽岸段水域（安徽宿松县）。
自10月28日具体进行清江登记、摸底起，长江委砂管局联合长江航务管理局及其长江海事、航道、航运公安等部门以及湖北、江西、安徽三省各级水行政主管部门，出动水行政执法人员36人（湖北6人、江西24人、安徽6人），交通海事、航道、航运公安执法人员34人次（海事13人次、航道9人次、航运公安12人次），出动执法船艇6艘次，出动车辆12车次。长江委砂管局派出人员5名。其中，11月4日，长江委砂管局现场行动人员4人，会同长江航务管理局所属长江海事、航道、航运公安等部门人员7人，以及江西九江市及其湖口县水行政主管部门、安徽省长江河道管理局和宿松县水行政主管部门有关人员4人，专门到此次联合执法水域问题突出重点江段之安徽宿松、江西九江湖口交界水域八里江段，与当地采砂户（“吊机”老板）座谈，并对其过驳船舶（“吊机”）进行查验、登记。
无论炎日高照，不畏寒风冽雨，下江越船，上岸登门。几天来，共登记涉砂船只335艘，基本是无船名船号、无船籍港、无船舶检验证书的“三无”船只，其中从事运输的运力船200艘、能采砂作业的自吸船102艘、过驳“吊机”33艘。湖北共登记93艘涉砂船只，其武穴市有自吸船9艘，黄梅县有自吸船78艘、“吊机”6艘；江西共登记199艘涉砂船只，其九江市城区有自吸船24艘，九江县有自吸船27艘、运力船22艘、“吊机”18艘，庐山区有自吸船37艘、运力船58艘，彭泽县有自吸船12艘、“吊机”1艘；安徽省共登记43艘涉砂船只，其宿松县有自吸船13艘、运力船22艘、“吊机”8艘。